Diário de um Químico Digital 3.0

Química, TICs e outras treconologias. :)

Breve tutorial em vídeo – ChemSketch — 11/05/2010

Breve tutorial em vídeo – ChemSketch

Acabei de fazer um pequeno tutorial de como montar uma molécula usando o software ChemSketch.

É óbvio que não pretendo ensinar a usar todo o programa com esse vídeozinho, mas pelo menos fica aí a minha contribuição.

Se vocês gostarem eu posso colocar mais vídeos desses no blog.
30 softwares gratuitos — 05/05/2010

30 softwares gratuitos

Vi uma dica interessante nesse site aqui ó e vou compartilhar a dica com vocês.

Trata-se de uma lista dos 30 melhores softwares gratuitos do ano de 2010, organizados por categorias e com os links já devidamente digitados para facilitar a vida dos fanáticos por novidades.

Segue a lista (comentada por mim):

Software – GrafEq — 04/03/2010

Software – GrafEq

Procurando por um software para fazer aquele gráfico para a disciplina de Cálculo Diferencial?

Falta fazer aquele gráfico de função para um relatório de físico-química?

Que tal baixar e instalar o GrafEq?

O programinha conta com interface multilíngue, faz gráficos de funções explícitas e implícitas e ainda passa o café.

Deem uma olhada em uma tela de exemplo do programa em funcionamento:

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Na sequência, vejam alguns exemplos de uso do software que eu encontrei no site da empresa que comercializa o produto.

GrafEq Session, Graphing and Blending

GrafEq Session, Zooming Out and In

GrafEq Session, Editing Fancy Relations with Easy Buttons

Espero que tenham gostado da dica, eu sou um que vai passar a explorar um pouco mais esse programinha.

Software – Water Molecular Dynamics — 04/02/2010

Software – Water Molecular Dynamics

Acho que todo mundo sabe, ou pelo menos deveria saber, que os líquidos constituem um estado físico intermediário entre o sólido e gasoso.

Em palavras bem cruas: sólidos cristalinos são altamente organizados e, portanto, rígidos e difíceis de fundir. Gases são altamente caóticos e com moléculas muitos afastadas umas das outras, sendo muito fácil aumentar sua temperatura.

Os líquidos são mais organizados que um gás,as partículas estão mais próximas umas das outras e "sentem" a presença das moléculas da vizinhança.

No entanto, a organização é menor quando comparamos a um sólido, sem falar nas distâncias entre moléculas, que são ligeiramente maiores.

Embora tenhamos boas teorias para descrever o estado sólido e o estado gasoso, não temos teorias tão abrangentes para descrever o estado líquido.

Para um professor é meio difícil explicar o que é estado líquido sem exibir algumas ilustrações ou até mesmo animações que caracterizem o estado líquido.

Para ajudar nessa tarefa, recomendo um software bem simples, desenvolvido pelo “Center of Polymer Studies” da Boston University.

Trata-se de um pequeno programinha que simula a água, que permite alterar parâmetros de temperatura e densidade e, principalmente, auxilia na visualização de moléculas de água em movimento.

A base física do programa reside na Dinâmica Molecular, que trata as moléculas como esferas macias unidas entre si por potenciais harmônicos (sabem aquelas molas que se estudava em Física, pois é, esses são os potenciais harmônicos).

As moléculas são postas em movimento usando-se equações de movimento de Newton, e qualquer computador caseiro consegue rodar uma simulação pequena como a do software em questão.

Clique nesse link, baixe o programinha Water Molecular Dynamics v1.1 , instale e comece a divertir-se com a água. O legal é que o seu computador não vai ficar molhado, a água é virtual. 🙂

Softwares: Virtual Lab — 27/01/2010

Softwares: Virtual Lab

Que tal fazer os mais mirabolantes experimentos de Química sem gastar um grama ou um mililitro de reagentes?

Essa é a proposta do Virtual Lab, um projeto financiado pelo “National Science Foundation” americano.

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O Virtual Lab pode ser usado online, nesse link, podendo ser baixado e instalado no seu computador através desse link.

O programa já foi até traduzido para o português e conta com um manual completo de utilização na nossa língua.

http://ir.chem.cmu.edu/pdf/UserGuide_br.pdf

Demonstração passo-a-passo: http://ir.chem.cmu.edu/pdf/walkthrough_br.pdf

Guia para professores: http://ir.chem.cmu.edu/pdf/GettingStarted_br.pdf

Fica a dica, divirtam-se fazendo experimentos virtuais.

Softwares – Symyx Draw — 23/01/2010

Softwares – Symyx Draw

Lembram do post no qual dou a dica de como desenhar moléculas sem o auxílio de um software?

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Pois é, hoje vou dar a dica de um software gratuito que faz a mesma coisa, de forma mais eficiente, com muito maior qualidade e que não é tão difícil de usar.

Trata-se do Symyx Draw, o sucessor do antigo Isis Draw. Para uso pessoal e acadêmico ele é totalmente gratuito. Tudo o que você precisa fazer é um rápido cadastro no site dos caras. (veja a figurinha abaixo)

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Benefícios do Symyx Draw:

  • Possibilidade de converter nome-para-estrutura e estrutura-para-nome segundo regras IUPAC, SMILES E InChi;
  • Gráficos com excelente qualidade;
  • Possibilidade de instalar extensões (add-ins) grátis;
  • Ferramente pau-pra-toda-obra para desenho rápido de moléculas;
  • Grande quantidade de templates para as estruturas químicas mais comuns;
  • Permite uso de arquivos com formatos pouco suportados por outros softwares do mercado;
  • Interface mais simples e que permite desenhar mais rapidamente.

E “comofas” para ter essa maravilha da tecnologia?

Simples, siga os passos abaixo descritos:

  1. Registre-se
  2. Faça o login na sua recém-criada conta
  3. http://www.symyx.com/downloads/downloadable/index.jsp

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Na página de download, selecione Symyx Draw 3.2 SP2 no-fee.

Depois, é só instalar e sair usando.

Mais adiante vou publicar um tutorial em português de como usar esse software, por enquanto eu vou deixar apenas o link para uma animação em inglês que ensina a usar o bicho.

Tutorial aqui.

No link abaixo, um pequeno manual em inglês explica os menus e dá alguns exemplos de uso.

Manual aqui.

Espero que vocês experimentem esse software, eu o conheci há pouco tempo e achei bem interessante, e é uma ótima alternativa ao ChemSketch e ChemDraw (esse último é pago).

Softwares – Avogadro — 22/01/2010

Softwares – Avogadro

Vou começar, aos poucos, a indicar softwares para uso em pesquisas na área de Química ou até mesmo para uso em sala de aula, com finalidades didáticas.

O programinha que eu quero apresentar a vocês hoje é o Avogadro.

E o que ele faz?

Com ele, você pode construir estruturas moleculares em 3 dimensões, alternar entre diversos modos de renderização e até mesmo rodar uma pequena simulação de mecânica molecular a fim de otimizar a geometria da molécula.

O programa pode ser usado como um gerador de input para os principais programas de cálculo ab initio (GAUSSIAN, GAMESS, etc). Só não vá esperando que ele substitua interfaces mais antigas como o GassView, o programa ainda está em fase inicial de desenvolvimento e é Open Source.

Ele tem uma vantagem bem grande em relação a outros programas similares, é multi-plataforma. Isso significa que você pode instalar no Linux, no Mac, no PC, etc.

Acesse a página oficial e baixe já sua cópia.

http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page